年に１回の総会と大会（サンゴ礁に関する研究成果を発表する場です）を開催します．研究成果を印刷して公表するために，日本サンゴ礁学会誌（英文名はGalaxea）を発行しています。会員相互の情報交換と議論のために、インターネットを使ったメーリングリストがあって、さかんに利用されています。このほかにも研究成果の一般への普及のための出版物の編集や、公開シンポジウム、ワークショップの開催なども実施・計画しています。学会活動は、会員による選挙によって選出された評議員が企画・運営し、その内容について総会で会員が意見をのべることができます。