1997年11月に沖縄で設立大会が開かれ、1998年11月に東京で第１回大会が開かれました。まさに生まれたばかりの学会です。サンゴ礁に働く複雑なメカニズムを解明するための研究を推進し、その普及をはかるために、サンゴ礁に関わる様々な分野かの研究者が集まって、日本サンゴ礁学会を設立しました。

国際的には国際サンゴ礁学会があり、４年に１回国際サンゴ礁シンポジウムが開催されていますが、日本のサンゴ礁研究者のネットワークはありませんでした。1996年にパナマで開かれた国際サンゴ礁シンポジウムに日本から参加した人たちが集まって、日本にも学会を作ることを合意し、大勢の人たちの努力の末ようやく設立することができました。